Последњу деценију прошлог века су обележили грађански ратови на простору бивше Југославије, превирања на Косову и бомбардовање Савезне Републике Југославије (Србије и Црне горе) од стране Северноатлантског пакта (НАТО) без мандата
Уједињених нација. Бројне избеглице, пре свега из Босне и Херцеговине, нашле су уточиште у Аустрији. Многи од њих су остали овде и до данашњих дана.
И Србију напушта велики број њених грађана, пре свега младих. Рачуна се да је око 300.000 оних који нису могли да се идентификују са политиком тадашњег руководства, који нису желели рат или који су једноставно хтели да побегну од безнађа у својој домовини,
срећу потражило у иностранству. Један број њих је остао и у Аустрији. За разлику од миграната из 60-тих и 70-тих година који су углавном потицали из руралних подручја и у аустријској привреди радили претежно као неквалификована радна снага, мигранти из 90-тих година се одликују вишим степеном образовања. Они поседују углавном високо и средње образовање, а труде се у већој мери него припадници прве генерације миграната,
да и својој деци омогуће што боље школовање.
Са политичким превирањима у земљи, почињу и превирања у југословенским клубовима. Један број клубова, чији је састав вишенационалан, напушта Спортско-културно удружење југословенских радника и привремено престаје са радом. Клубови са претежно моноетничким саставом чланова издвајају се из Удружења и оснивају своја национална удружења и спортске савезе, што је био случај са хрватским и бошњачким клубовима.
Српски клубови остају у старом Удружењу које ће 1998. године променити назив у Заједницу југословенских и српских клубова у Бечу, да би 2002. године добило данашњи назив –Заједница српских клубова у Бечу.
Српски клубови настављају традицију организовања заједничких манифестација на нивоу Аустрије као што су Радничке спортске игре, Смотра културно-уметничког стваралаштва и квиз знања, у чему се ангажују српски клубови и њихова удружења из свих аустријских покрајина.
Настава на матерњем језику више нема никаквих сличности са оним обликом како је то било осамдесетих година, а наставници постају службеници аустријског Министарства за просвету. Та настава почиње да се одвија по принципу интегративне наставе, чиме се умањује улога наставника на нашем језику у процесу васпитања и образовања деце са подручја Југославије. У овом периоду замире и рад наставника по клубовима јер сада, као
наставници које плаћа искључиво аустријска страна, нису више обавезни да се ангажују по клубовима. Још само ретки међу клубовима обележавају актуелне празнике. Деца се такође
осипају, секције које су до сада постојале се гасе. Преживљавају фолклорна и фудбалска, а мали број наставника који је остао веран својим убеђењима наставља да пригодним програмима са децом обележава датуме који прете да оду у заборав. У том раду предњаче посебно клубови „Јединство“ и „Бранко Радичевић“.
Спортске активности се ограничавају углавном на фудбал. Српски клубови су задржали назив Југо-лига, док хрватски и бошњачки клубови оснивају хрватску, односно босанску лигу. 1991. године су последњи пут организована куп такмичења поводом Дана младости и Дана Републике.
У оквиру бројних спортских манифестација Заједнице важно место заузима „Политикин крос“ који је први пут одржан 1983. године са преко 350 атлетичара. Та лепа традиција је трајала до 1995. године. У осам категорија се редовно такмичило 400 до 500 учесника, а победници су одлазили на традиционални октобарски „Политикин крос“ у Београду. Посебне заслуге за редовно одржавање кроса је имао Слободан Јовановић.
Догађаји у домовини не остављају никога равнодушним. Сви су се окренули од прослава ка хуманитарним акцијама, стрепња је заменила радост, све мање има разлога за смех и весеље. Хуманитарним акцијама се даје приоритет у односу на све друге активности. То је био и разлог за оснивање српско-аустријског културног и хуманитарног удружења „Хуманитас“ 1993. године. Отпремљено је укупно 747 транспорта у вредности од 310
милиона шилинга. Заједно са Српском православном црквеном општином „Свети Сава“ у Бечу и бечким Каритасом финансирају се народне кухиње у Београду и Крагујевцу, али и у Нишу, Шапцу и Краљеву. У време НАТО агресије вредно је прикупљана хуманитарна помоћ и слата у најугроженије делове отаџбине. Добри резултати су забележени и на културно-забавном, информативном и образовно-васпитном плану.
1995. године је основан Српски центар, удружење српских културних посленика, интелектуалаца и привредника у Аустрији, који поред Хуманитаса организује низ програма културног и уметничког садржаја. Он је оживео и традицију одржавања Светосавског бала у Бечу, извлачећи из музичких архива дело Јохана Штрауса сина под називом „Српски квадрил“ који је он компоновао 1846 по налогу Милоша Обреновића, управо за један српски
бал у Бечу. У том контексту треба посебно истаћи заслуге тадашњег председника Центра, Милорада Матеовића.
И поред интензивне сарадње са градским институцијама за културу, Бечким фондом за интеграцију и организацијама које се баве проблемима странаца, мере штедње директно су погодиле и наше клубове, а првенствено Заједницу клубова. Изостаје потпора за наше активности, што у великој мери утиче на обим програма који су у нека срећнија времена били неупоредиво обимнији и богатији. Заједница се ограничава на организовање само традиционалних манифестација, али и то се чини уз велике напоре и залагање активиста.
1998. године оснива се Културно-уметничко друштво „Стеван Мокрањац“ које ће из године у годину бележити све значајније активности и успехе, а један од најстаријих клубова,
„Пожаревац“ удружује се са клубом „Бамби“ у нови клуб „Регион Бамби-Пожаревац“.
Прву половину 1999. године су обележиле демонстрације у Бечу против бомбардовања СР Југославије од стране НАТО-а. Већ 24. марта, само дан после почетка бомбардовања, на Штефансплацу, у срцу Беча, се окупило неколико хиљада људи да изрази своје дубоко неслагање са варварским чином у којем су за војне циљеве проглашени и дечији вртићи, школе, фабрике, мостови, болнице. Заједница југословенских и српских клубова, Српски центар, Хуманитас и више аустријских невладиних организација организују редовна, свакодневна протестна окупљања у средишту Беча и достојанствено, са иконама и свећама у рукама, са заставама и паролама које позивају на мир, на свест и савест, траже престанак бомбардовања. И тако 78 дана.
Али, престанак бомбардовања није значио и престанак активности наших грађана који су и у годинама после бомбардовања наставили да организују јавне трибине, медијске наступе, трибунале и информативне програме указујући на срамни карактер тог чина и погубне последице по читав регион.